Environ 40.000 secouristes (pompiers, policiers, soldats) restaient cependant sur place pour apporter de l'aide aux habitants, dont plus de 2.700 sont encore hébergés dans des refuges.
La majorité des décès ont été recensés dans le village d'Atsuma, où des maisons ont été ensevelies par un énorme glissement de terrain provoqué par le tremblement de terre de magnitude 6,6.
"Le gouvernement va prendre toutes les mesures nécessaires afin que chacun puisse retrouver une vie normale et sûre dès que possible", a déclaré le porte-parole du gouvernement, Yoshihide Suga, lors d'un point de presse régulier.
Il a aussi appelé les habitants à être vigilants, alors que des précipitations sont attendues dans la région, ce qui pourrait entraîner des coulées de boue.
Le Premier ministre Shinzo Abe, qui s'était rendu dimanche sur place, a promis de "faire de son mieux" pour remettre en état les régions affectées par les récentes catastrophes naturelles.
Juste avant le séisme de Hokkaido, l'ouest du pays avait été touché par un violent typhon qui a fait 11 morts et conduit à la fermeture de l'aéroport du Kansai (Osaka).
Début juillet, l'archipel a également subi des pluies d'une ampleur exceptionnelle qui avaient provoqué inondations et glissements de terrain, tuant plus de 220 personnes.
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