L'administration des chemins de fer avait initialement fait état de 22 morts. Mais le Centre taïwanais de réponse d'urgence a affirmé dimanche soir que 18 personnes avaient péri, sans donner d'explication à ce nouveau bilan.
Le Puyuma Express, qui transportait 366 personnes à destination de Taitung (sud), a déraillé dans le comté de Yilan (nord-est) à 16h50 (08h50 GMT) dimanche, pour une raison encore inconnue.
Les huit wagons du train ont déraillé, dont cinq qui se sont renversés près de la gare de Xinma.
Ce déraillement, le plus grave accident ferroviaire à Taïwan depuis 27 ans, a également fait 187 blessés.
Des responsables ont indiqué lundi qu'un petit nombre de passagers étaient toujours portés disparus et que les sauveteurs poursuivaient les recherches.
La présidente Tsai Ing-wen s'est rendue tôt lundi matin sur le site de l'accident, demandant une enquête sur les causes du drame.
"Tout le monde est préoccupé par les causes de l'accident et j'ai demandé aux procureurs de faire la lumière sur la situation", a-t-elle dit aux journalistes.
Des grues ont été apportées dans la nuit pour retirer les wagons de la voie. Mais l'engorgement des sols, en raison de récentes précipitations, a compliqué l'opération, nécessitant l'acheminement de plateformes de stablisation pour établir les grues, selon l'entreprise qui mène ces travaux.
Des vidéos filmées juste après la catastrophe et diffusées par les chaînes de télévision ont montré des passagers brisant les fenêtres pour s'extraire difficilement des wagons.
Des survivants ont raconté que le train vibrait énormément pendant le voyage, et qu'il allait "très vite" avant le déraillement.
"Le train s'est arrêté deux fois et on nous a dit qu'il y avait des problèmes et qu'il fallait réparer mais le train est reparti peu après", a déclaré aux journalistes une passagère qui s'est présentée comme Mme Chiu.
"On a senti que la vitesse était trop élevée, puis il y a eu le choc et nous avons été projetés en l'air", a-t-elle ajouté en précisant que beaucoup de passagers étaient assoupis au moment de l'accident.
Une centaine de militaires ont été envoyés pour participer aux opérations de secours, selon le ministère de la Défense.
Cet accident est la pire catastrophe ferroviaire à Taïwan depuis 1991, quand 30 passagers avaient été tués et 112 blessés dans la collision de deux trains à Miaoli (nord-ouest).
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