Une centaine de personnes étaient rassemblées dans l'église de la ville de Sleman, dans la province de Yogyakarta, quand l'agresseur est arrivé avec une épée d'un mètre.
"Quatre personnes ont été blessées, plutôt grièvement, mais nous ne connaissons pas le mobile de l'agresseur", a déclaré à l'AFP Yulianto, porte-parole de la police de Yogyakarta.
Un témoin, Andhi Cahyo, a raconté qu'un homme blessé à la tête avait fait irruption dans l'église, poursuivi par l'homme à l'épée.
"Tout le monde a paniqué et s'est mis à crier, je me suis démené pour sauver ma femme et nos enfants", a-t-il dit à l'AFP.
Les fidèles se sont précipités en dehors de l'église par une autre sortie, poursuivis par le forcené, qui a également détruit des biens appartenant à l'église.
La police est arrivée peu de temps après.
"Après des tirs de sommation, l'assaillant s'est rué sur un policier qui lui a tiré dans le ventre. Mais l'agresseur est parvenu à blesser le policier avant d'être maîtrisé", a dit Andhi Cahyo.
L'Indonésie est le pays musulman le plus peuplé au monde. Il compte également des minorités chrétienne, hindoue et bouddhiste.
Un extrémiste a été condamné en septembre à la réclusion criminelle à perpétuité en Indonésie pour une attaque meurtrière au cocktail Molotov perpétrée en 2016 contre une église avec des complices d'un groupe soutenant l'organisation jihadiste Etat islamique (EI).
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