La secousse s'est produite à 27 km de profondeur et a touché l'île de Mindanao, située à plus de 700 km au sud-est de la capitale, Manille, selon l'institut géologique américain USGS.
La radio DZMM, citant les militaires, a indiqué que trois personnes avaient perdu la vie, sans donner de détails.
La porte-parole de la Défense civile pour la région, April Sanchez, a indiqué de son côté que sept personnes au moins avaient été blessées, et qu'un nombre indéterminé d'autres étaient bloquées sous les décombres dans la ville de Surigao.
"On ne peut pas encore dire combien de personnes, car il n'y a pas de courant", a indiqué la porte-parole à l'AFP.
L'épicentre du séisme se trouvait au large des côtes, à 14 km au nord de Surigao, a précisé l'Office philippin de sismologie,
Le Centre d'alerte au tsunami dans le Pacifique n'a émis aucune alerte.
Un professeur d'université, Rocks Tumadag, a raconté à l'AFP que beaucoup d'habitants de Surigao s'étaient précipités vers les hauteurs de peur qu'un tsunami ne suive le séisme.
Il a indiqué que des répliques continuaient de secouer l'île des heures après le séisme.
"C'était la panique dans les rues", a-t-il raconté, ajoutant que beaucoup d'édifices avaient été endommagés et que des débris jonchaient les rues.
"Je dormais quand le séisme s'est produit. Il y a eu 10 à 15 secondes de mouvements verticaux", a-t-il dit, expliquant avoir pu sortir de chez lui avec sa femme et ses deux filles.
Selon un communiqué de la Défense civile, un pont, ainsi qu'au moins un immeuble et plusieurs maisons se sont effondrés.
"Il y a des informations sur des personnes bloquées à l'intérieur. Les opérations de secours sont en cours", selon ce communiqué.
Le chef de la police locale, Anthony Maghari, a expliqué sur les ondes de la radio DZMM qu'il avait notamment vu une école effondrée.
Les Philippines se situent sur la "ceinture de feu" du Pacifique, zone où se rencontrent des plaques tectoniques, ce qui produit une fréquente activité sismique et volcanique.
Le dernier séisme meurtrier, de magnitude 7,1, avait fait 220 morts en octobre 2013 dans les îles du centre de l'archipel.
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