Misbah Choubir, Ahmed Abou Armanah et Omar al-Falit sont morts dans l'explosion, a affirmé dans un communiqué le porte-parole du ministère, Achraf al-Qoudra.
Misbah Choubir faisait partie de la branche armée du Hamas, a confirmé le groupe, tandis que les deux autres sont des membres présumés du Jihad islamique, un groupe radical allié du Hamas.
Les deux autres personnes tuées n'ont pas été identifiées.
Plus tôt, un porte-parole de l'armée israélienne avait annoncé qu'un "tunnel terroriste" qui menait dans le sud d'Israël depuis la zone de Khan Younes avait été neutralisé.
Il avait précisé ne pas pouvoir confirmer s'il s'agissait d'un tunnel du Hamas mais affirmé qu'il tenait le mouvement islamiste pour "responsable" de sa construction.
L'armée ne tient pas à "une escalade" mais "est prête à un éventail de scénarios", avait précisé le porte-parole.
En avril 2016, l'armée israélienne avait dit avoir détruit un tunnel similaire d'infiltration en territoire israélien.
Il s'agissait alors du premier incident du genre depuis la guerre dévastatrice de l'été 2014, lors de laquelle le Hamas avait eu recours aux tunnels pour mener des attaques en Israël.
A l'époque, Israël avait justifié son opération militaire contre la bande de Gaza par la volonté de faire cesser les tirs de roquette sur son territoire mais aussi de détruire ces tunnels creusés sous l'enclave palestinienne.
L'opération israélienne avait fait 2.251 morts dont 551 enfants côté palestinien selon l'ONU, et 74 morts côté israélien, dont 68 soldats.
Fin 2016, une enquête interne de l'armée israélienne avait estimé que l'Etat hébreu n'était pas préparé à la menace des tunnels utilisés par le Hamas à l'été 2014, donnant du crédit aux reproches formulés contre le gouvernement de Benjamin Netanyahu.
D'autres tunnels sont par ailleurs utilisés dans Gaza à des fins de contrebande avec l'Egypte.
L'enclave est soumise depuis une décennie à un vigoureux blocus israélien et depuis des années à la fermeture quasiment permanente de sa frontière avec l'Egypte.
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