Le ministère présente Mikel Irastorza comme "le plus haut dirigeant actuel du groupe terroriste ETA, qui échappait à la justice".
Il a été interpellé "à l'intérieur d'une habitation de la localité française d'Ascain, dans les Pyrénées-Atlantiques", a-t-il précisé dans un communiqué.
L'opération - qui vise "la structure dirigeante de l'ETA" - a été menée par des agents de la direction générale de la sécurité intérieure (DGSI) en collaboration avec la Garde civile espagnole.
Le ministère a évoqué la possibilité d'autres arrestations, durant l'opération "toujours en cours" samedi matin.
Le couple qui l'hébergeait a également été placé en garde à vue, selon des sources françaises.
L'ETA, fondée en 1959, est tenue pour responsable de la mort de plus de 800 personnes en plus de 40 années de lutte armée pour l'indépendance du Pays basque et de la Navarre.
Elle a renoncé à la violence il y a cinq ans mais refuse de rendre les armes et de se dissoudre, comme l'exigent Madrid et Paris.
Le 12 octobre, la France et l'Espagne avaient annoncé le démantèlement d'une cache d'armes de l'ETA à Carlepont, à 120 km au nord de Paris.
Dans un communiqué du 18 octobre, l'ETA avait ensuite accusé l'Espagne et la France de ne pas vouloir "rechercher des solutions raisonnables" pour la paix au Pays basque.
Sa capacité opérationnelle est très réduite, après des années d'actions policières et la perte de soutiens dans la société basque. La grande majorité de ses membres sont en prison et seule une vingtaine seraient encore dans la clandestinité, selon des forces antiterroristes espagnoles et françaises.
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