Cinq policiers ont également été blessés dans le terminal très fréquenté de Kampung Melayu.
"Il y a eu deux explosions vers 21H00" (14H00 GMT), a indiqué le chef de la police de l'est de Jakarta, Andry Wibowo, à l'antenne de la télévision MetroTV.
"Il y a eu une bombe, que nous suspectons être un attentat-suicide", a déclaré ensuite à la chaîne TVOne le chef-adjoint de la police nationale, identifié uniquement comme Syafruddin.
Il a ajouté que l'auteur de l'attentat-suicide présumé était mort ainsi qu'un policier, et que cinq autres policiers avaient été blessés.
Les images diffusées à la télévision montraient de la fumée sortant du terminal, qui a été bouclé par la police, et de nombreux membres des forces de l'ordre évacuant des victimes.
Un témoin de la scène, Sultan Muhammad Firdaus, a raconté à la station de télévision Kompas TV avoir entendu deux explosions à environ 10 minute d'intervalle.
"Les explosions étaient assez fortes. Je les ai clairement entendues", a-t-il ajouté.
Un autre témoin confirmait. "D'abord j'ai vu de la fumée et des vitres brisées. J'étais choquée. Après quelques minutes, il y a eu une autre explosion", a expliqué à l'AFP Rosmala, une commerçante.
L'Indonésie avait été précipitée dans sa propre "guerre contre le terrorisme" par les attentats de Bali en 2002 (202 morts, parmi lesquels de nombreux étrangers). Les autorités avaient ensuite lancé une offensive majeure contre les extrémistes islamistes, et affaibli ainsi les réseaux les plus dangereux, selon des experts.
Mais le groupe Etat islamique est parvenu ces derniers temps à remobiliser la frange extrémiste indonésienne. En janvier 2016, des attentats suicide et attaques armées à Jakarta avaient coûté la vie à quatre civils. Les quatre assaillants avaient été tués dans ces attaques revendiquées par l'EI, les premières de cette ampleur en Indonésie depuis 2009.
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