Adel Haddadi, Algérien de 29 ans, et Mohamad Usman, Pakistanais de 35 ans, ont été mis en examen pour "association de malfaiteurs terroriste", a précisé la source.
Les deux hommes avaient été arrêtés dans un centre de réfugiés en Autriche en décembre et faisaient l'objet d'un mandat d'arrêt européen émis par la France.
La justice française les soupçonne d'avoir cherché à gagner la France, à l'automne dernier, pour participer aux attaques de novembre à Paris et Saint-Denis qui ont fait 130 morts et plus de 350 blessés.
Les attentats, revendiqués par l'organisation Etat islamique, ont été perpétrés par plusieurs commandos d'une dizaine d'hommes dans la salle de concerts du Bataclan, dans plusieurs rues de la capitale et près du Stade de France.
Les deux suspects mis en examen vendredi avaient débarqué sur l'île grecque de Leros le 3 octobre, en se mêlant au flux des réfugiés syriens, en même temps que les deux Irakiens, non identifiés, qui se sont fait exploser près du Stade de France.
A leur arrivée à Leros, les futurs kamikazes du stade avaient franchi les contrôles sans problème, mais la police grecque avait découvert que les passeports d'Haddadi et d'Usman étaient des faux et les avait placés en détention.
Ils avaient été incarcérés jusqu'au 28 octobre, puis avaient gagné l'Autriche où ils étaient hébergés dans un centre d'accueil pour demandeurs d'asile jusqu'à leur arrestation, le 10 décembre.
Adel Haddadi, le suspect algérien, aurait rejoint l'EI en février 2015, et le Pakistanais Mohamad Usman est soupçonné d'avoir été un artificier pour deux groupes jihadistes pakistanais réputés proches d'Al-Qaïda.
Après son arrestation en Autriche, Haddadi avait dit aux enquêteurs avoir voulu se rendre en France pour "accomplir une mission", selon sa déposition dont l'AFP a eu connaissance.
Le 18 décembre, la police autrichienne avait par ailleurs arrêté, toujours à Salzbourg, un Marocain âgé de 25 ans ainsi qu'un second Algérien, âgé de 40 ans, soupçonnés d'être en "contact étroit" avec les deux hommes transférés en France.
Concernant ces derniers, les "investigations se poursuivent et n'ont pas encore abouti", selon le parquet de Salzbourg.
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